(2) ところが、原判決は、民法９２条及び法令２条の解釈・適用について以下のように述べる。
1) まず法例２条については、「法例二条は、公序良俗に反しない慣習のうち、法令の規定によって認めたもの及び法令に規定のない事項に関するものに限り法律と同じ効力を認めた規定であるところ、本件においては、本件建物の管理について法令に規定が存在するのであるから、法例二条が適用される余地はない」（原判決７６頁）
しかしながら、国有財産法等の規定に駒場寮自治会への管理権限の委譲を定めた規定が存在しないことは確かであるが、駒場寮自治会に管理権限を委譲することを禁止する規定も存在しないのであり、本件は法令に規定の存在しない場合というべきであって、まさに慣習が法的規範性を有する場面であるというべきである。
2) つぎに、民法９２条については「また、民法９２条は、法令中の公の秩序に関しない規定について異なった慣習が存在し、法律行為の当事者が慣習による意思を有する場合に、その慣習に従うことを規定したものであるところ、被告らの主張する慣習は強行規定である国有財産法１８条の規定に抵触するものであるから、民法９２条が適用されることはない。」（原判決７６〜７７頁）
しかし、この点についても、後述のように駒場寮自治会に管理権限を認める慣習は、国有財産法の趣旨に反するものではなく、むしろその趣旨に合致するものである。また、国有財産法は行政財産に対するいかなる意味での私権を禁ずるものではないし、１９６４年の改正前からの経緯によって、実際には行政財産に対する私法上の権利が認められる実例も多数存在するのである。さらには、駒場寮自治会による管理はまさに憲法が要請するところの「大学に自治」の発現というべきである。したがって、国有財産たる駒場寮に対する管理権限を駒場寮自治会が有することは、決して「公序良俗」に反するものとはいえないのである。
(2) 右の判決の趣旨を敷衍すれば、本件のような国有財産の管理をめぐっても、民法第９２条の事実たる慣習にもとづく権利義務関係の設定が認められるということになる。とりわけ、本件が憲法第２３条に由来する大学の自治をめぐる問題であり、「大学は、国公立であると私立であると問わず、学生の教育と学術の研究とを目的とする教育研究施設であって、その設置目的を達成するために必要な諸事項については、法令に格別の規定がない場合でも、学則等によりこれを規定し、実施することのできる自律的、包括的な権能を有」する（最高裁昭和５２年３月１５日判決・民集３１−２−２３４）とされていることからすれば、民法第９２条の適用の可否に関する右判例の結論が本件にも適合することはいっそう明白である。
ところで、前記東京高裁判決は、勤務時間規定に抵触する慣行が法規範としての効力を認められるための要件として、@慣行にかかる事実が長期間反復継続して行われていること、A当事者が明示的にこれによることを排斥していないこと、B労働協約締結権限を有する者、就業規則を改廃する権限を有する者が慣行を規範として認める意思を有していたこと、という三点をあげている。
この要件の適否は別として、本件では、@駒場寮自治会に管理権限を認める取り扱いが長期間にわたって反復継続して行われており、A東京大学も駒場寮自治会の管理権限を否定するような言動は全くとっておらず、Bかえって、法令上管理権限を有する大学当局は、文書等によって駒場寮自治会の管理権限を認める態度をとっていたことが認められる。すなわち、本件においては、前記東京高裁が示した要件はすべて満たされているのである。
(2) これに対し、原判決は、賃貸借契約の成立については「本件全証拠によっても、右のような契約が締結されたことを認めることができ」ず、さらに国有財産法上、賃貸借契約が成立することは、昭和３９年の改正以前であってもあり得ない旨述べて、これを否定する（原判決７７〜７８頁）。
しかしながら、国有財産法上、一切の私権の設定が禁じられているものと解することはできず、賃貸借契約を否定する根拠とはならない。
また、国有財産法第１８条の規定は、１９６４年の法改正によって定められたものである。改正以前の国有財産法は、国有の公物について「行政財産はその用途又は目的を妨げない限度において使用収益させる場合を除く外、これを貸し付け、交換し、売り払い、譲与し、若しくは出資の目的とし、又はこれに私権を設定することができない」旨を定め（１８条）、例外として、「その用途又は目的を妨げない限度において使用収益させる場合には」、普通財産の貸付け等に関する規定を準用することとしていた（１９条）。
したがって、改正以前は、許可処分を要さずに合意により国有財産に占有権限を設定することが認められていたのである。
そして、この占有権原は私法上の占有権原であると解するのが通説である（田中・行政法総論２３６頁、原・公物営造物法(旧版)９６頁、渡辺洋三「公法と私法」民商３８巻１号４６頁以下、成田頼明「行政法における『公法と私法』の問題をめぐる判例の推移」公法研究２２号１１１頁以下）。
行政解釈も同様であった（昭和２９年３月３日の法制局の意見＝法制局１発第１０号大蔵省管財局長宛法制局次長回答、同趣旨、昭和２９年６月２２日法制局１発第２９号大蔵省管財局長宛法制局次長回答)。
判例も、行政財産に私法上の使用権を設定しうることを認めていた（昭和３７年８月１３日鹿児島地判下級民集１３巻８号１６７９頁、昭和３８年７月１７日東京地判判時３５０号２５頁、昭和４２年３月１４日東京地判判タ２０８号１８１頁）。
この点につき、神長意見書（乙１６５）は、国有財産法１８条の立法趣旨は、国民の財産である行政財産の管理及び処分の在り方を毀損する、または権利の帰属を危うくするような私権が設定されることを排除する目的によるものと考えられ、学長の使用許可取消権が留保されている限り、賃貸借関係の成立を認めたとしても問題はない」と述べる。ただし、学長の入寮許可取消権留保は、入寮許可取消権が濫用されていいことにはならない、と述べている。
そして、この入寮許可取消権限行使の統制について、国有財産法１８条を根拠に直接借家法を適用するのは無理があるとしながらも、「具体的な入寮選考は駒場寮自治会によって行われ教養学部長はこれを自動的に承認していた」ことを根拠に、駒場寮自治会と学長との合意に基づく信頼関係の保護に依拠するとしている。
従って、駒場寮自治会と学長との信頼関係によって学長の入寮許可取消権限が統制され、右信頼関係を破壊するやり方では入寮許可取消は認められないのである。